Церковное имущество закрытого собора было разделено между несколькими музеями. После того, как иконы из нижней церкви были переданы в Фонд Русского музея, выяснилось, что большинство из них, считавшихся подлинными памятниками, были полностью или частично подделаны.
В 1985 году Ленинградский реставрационный центр начал реставрацию собора, которая продолжалась до 1995 года. Весной 1991 года собор был передан верующим. В том же году произошло чудесное обретение Феодоровской иконы Божией Матери. В 1992 году регулярные службы стали проводиться в нижней церкви, а с 1996 года – в верхней. 13 июня 1933 года Леноблисполком принял решение о закрытии Федоровского собора, что и произошло 27 декабря 1933 года. Имущество храма было разделено между несколькими музеями, мозаики закрашены. В верхней церкви был устроен кинозал с экраном в алтарной части. В пещерной церкви был организован архив фото- и кинодокументов.
Сегодня этот небольшой город, разрушенный войнами и революциями, постепенно начинает возвращать свой прежний облик. Русская православная церковь передала в постоянное пользование Федоровский замок. Здания комплекса находятся под охраной ГИОП. В 1994 году Патриарх Московский и всея Руси Алексий II благословил создание Патриаршего Метохиона на базе архитектурного комплекса Федоровского Городка. Мефодий служит духовно-просветительским центром Русской православной церкви и включает в себя резиденцию Патриарха Московского и всея Руси в Санкт-Петербурге, музей истории и деятельности Русской православной церкви в Санкт-Петербурге и на северо-западе России, образовательную деятельность, иконописные мастерские, возрождение древних профессий и услуги гостеприимства. В 1922 году собор был разрушен, часть икон была пожертвована в различные музеи, а часть продана иностранным коллекционерам. Через 11 лет собор был закрыт и превращен в кинотеатр. Нижняя часовня использовалась в качестве киноархива и хранилища кинопленки. Между 1941 и 1944 годами собор был сильно поврежден снарядами и бомбами. К счастью, скелет здания и его несущие конструкции в основном сохранились. После войны нижняя церковь была превращена в овощехранилище Сельскохозяйственного института. В 1980-х годах большая часть строительных работ была выполнена трестом “Леноблреставрация”. Весной 1991 года собор был передан Русской православной церкви. С 15 января 1992 года службы проводятся в церкви-гроте, а с 29 августа 1996 года – в верхней церкви. В 1995 году собор был включен в список объектов историко-культурного наследия как памятник архитектуры федерального значения. Летом 2002 года нижняя церковь была вновь освящена после завершения реставрационных работ. В нескольких десятках метров к юго-западу от церкви 16 июля 1993 года был открыт и освящен бюст императора Николая II работы петербургского скульптора В. В. Зайко. Помимо самой церкви, в нижней церкви было особое помещение – “Царская комната”. Своды были расписаны в древнерусском духе, стены покрыты старинной печатной бумагой и украшены старинными иконами в барельефах древнего образца, под ними висели старинные занавеси, лампады и паникадила, столы, лавки, стулья и вся утварь старинного образца – все это создавало полное подобие древнерусской палаты первых царей династии Романовых и переносило молящихся в древнюю белорусскую старину. Над главным входом в церковь находится мозаичное панно с изображением Матери Марии Феодоры и нескольких святых в разноцветных одеждах. На восточной апсиде церкви находится мозаичное изображение Господа Вседержителя, сохранившееся до наших дней. Колонны и арки, обрамляющие дверной проем, украшены каменными рельефами.Источники: http://al-spbphoto.narod.ru/prig/pushkin-fedor.html; http://anashina.com/istoriya-fedorovskogo-gorodka-v-carskom-sele/; http://spbhi.ru/showplace/prigorody/pushkin/fermsky-park/fedorovsky-gorodok.html
Во время Великой Отечественной войны 1941-1945 годов здание сильно пострадало от обстрела. Стены северного и западного фасадов были сильно повреждены, панели крыши были повреждены, а главный купол был разрушен. Лестница у главного входа была демонтирована. Архив, находившийся в храме, был сожжен, а богослужебные сосуды и облачения были переданы в дар храму из Москвы. Икона преподобного Серафима, написанная матушкой Серафимой, старшей сестрой из живописной мастерской Серафимо-Девичьего монастыря, была освящена у мощей святого в год его прославления. Настоятельница Серафимо-Понтаевского монастыря Нектария передала в дар верную копию чудотворной иконы Знамения Божией Матери из Понытева.
Церковь в пещере украсили, перенеся все убранство временного храма, сохранив алтарь имени преподобного Серафима Саровского. Собор был освящен 27 ноября (10 декабря) 1912 года епископом Кишиневским Серафимом. Федоровский собор был спроектирован в традиционном стиле: четырехглавый, с крестообразным куполом. Он состоит из двух храмов – верхнего и нижнего. Верхний храм большой и светлый, в нем могут разместиться до 1000 молящихся. Высокий иконостас выполнен в стиле храмов 17 века. Главный алтарь был освящен во имя Федоровской иконы Божией Матери, боковой – во имя святителя Алексея, митрополита Московского (освящен только после революции 1917 года).
Строительство храма обошлось в 1 миллион 150 тысяч рублей, из которых 150 тысяч рублей пожертвовали император Николай II и императрица Александра Федоровна. Оставшаяся сумма была собрана за счет добровольных пожертвований промышленников и торговцев.В январе 1928 года Федоровский собор стал одним из центров иосифлянского движения, когда митрополит Ленинградский Иосиф (Петрович) откололся от Русской православной церкви. Из-за этих событий церковь была закрыта с 21 апреля по 26 августа 1931 года.
Частое присутствие царского двора в Царском Селе в 1890-х и 1890-х годах повлекло за собой строительство большого казарменного комплекса для казачьего кавалерийского полка и сводного пехотного полка в северо-восточной части парка Фермес. Комплекс казарм, как и другие здания в районе города Федорова, был построен в неорусском стиле. Длинное U-образное здание украшено многочисленными шатровыми башенками. Сегодня комплекс существует со значительными изменениями и утратами в некоторых зданиях. Вскоре после Октябрьской революции собор был разорен, часть икон была передана в различные музеи, а часть продана иностранным коллекционерам. В период с 1941 по 1944 год собор был сильно поврежден прямыми попаданиями снарядов и бомб. К счастью, остов здания уцелел. Недавно была завершена реставрация церкви, и весной 1991 года она была передана Санкт-Петербургской епархии. Службы будут проходить как в верхней, так и в нижней церкви. После завершения всех ремонтных и реставрационных работ Феодоровский собор был освящен летом 2002 года. 17 июля 1993 года, в 75-ю годовщину расстрела царской семьи в Екатеринбурге, рядом с Федоровским собором был открыт памятник императору Николаю II. Торжественную службу по этому случаю провел епископ Ямбурский Феофан (Быстров). Первый камень в фундамент был заложен императором Николаем II. С точки зрения Дома Романовых, единообразие стиля было еще одним показателем внутренней целостности государства. Федоровский дворец должен был символизировать архитектурное единство русских городов.