Однако первая Божественная литургия была совершена в Никольском соборе 2 ноября 2005 года. В 2007 году он был передан Центральному военно-морскому музею. Однако ремонт, проведенный в то время, был фрагментарным, и разрушения продолжались. В 2009 году, после появления значительных трещин в стенах и куполе, здание собора было объявлено аварийным и требовало срочной реставрации.
Кронштад – морской город. Раньше здесь была небольшая военно-морская церковь, посвященная Богоявлению. 27 октября 1901 года на Якорной площади, где хранились старые якоря, началась расчистка площадки под строительство. 1 (14) сентября 1902 года, после торжественного молебна, отслуженного Иоанном Кронштадтским в присутствии вице-адмирала С.О. Макарова, началось строительство. 8 (21) мая 1903 года состоялась торжественная закладка стен, на которой присутствовали император Николай II и члены императорской семьи.
Один из колоколов собора, весом 4840 кг, не смогли спустить в 1930 году и до реставрации висел на колокольне. Во время Великой Отечественной войны в куполе собора находился наблюдательный пункт, и когда во время немецких авианалетов отключали электричество, наблюдатели звонили в колокол, чтобы предупредить жителей о строительстве собора Св. Он был первым, кто пожертвовал деньги на строительство. Он опубликовал в газете прокламацию, призывающую людей присоединиться к сбору средств, а затем постоянно убеждал власти в необходимости строительства. Сегодня в музее собора хранится совок, которым пользовался отец Иоанн при закладке первого камня 8 мая 1903 года.
Василий Косяков задумал собор как книгу, чтобы и история христианства, и история русского флота читались через символы и знаки. Кстати, в соборе хранятся знамена и иконы со списанных кораблей времен российского флота.Святые Петр и Павел – в память об основателе российского флота Петре Великом. Святой Иоанн Рыльский – небесный покровитель святого Иоанна Кронштадтского. Святой Митрофаний Воронежский: именно он поддержал Петра I в создании верфей и строительстве флота.
В соборе есть большие круглые витражи на религиозные темы. По форме они напоминают иллюминаторы на кораблях, и их красота лучше всего видна внутри собора. Собор Святого Николая является копией собора Святой Софии в Константинополе, но он немного меньше и имеет измененные пропорции. Архитектор Косяков совершил специальную поездку в Константинополь для обмера Святой Софии. Длина Николаевского Морского собора составляет 83,2 м, ширина – 64 м, диаметр купола – 26,7 м, высота до основания главного купола – 52 м, высота от земли до высшей точки креста – 75 м. Центральная часть под куполом вмещала 3 000 верующих.
В 1913 году императорская семья присутствовала на церемонии посвящения собора. Службы в соборе проводились до 1927 года, но в 1929 году он был закрыт, и началось опустошение. Позолота с куполов была смыта, мозаичные иконы заштукатурены, а мраморный иконостас разобран. В советское время здание использовалось как киноконцертный зал со сценой на месте иконостаса. 10 (23) июня 1913 года Морской собор был освящен во имя святого Николая Чудотворца, покровителя моряков и всех путешественников. Церемонию освящения совершил протопресвитер военного и морского духовенства о. Георгий Шавельский в сослужении настоятеля Адмиралтейского собора Санкт-Петербурга митрополита архиепископа Алексея Ставровского и духовенства Кронштадта.
Пространство внутри храма кажется огромным: к огромному главному куполу примыкают два полукупола – восточный и западный. Эта особая конструкция из металлических перекрещивающихся арок позволила храму не быть раздавленным внутренними опорами и иметь хороший обзор богослужения из любой точки собора. Открытые интерьеры двухэтажных галерей создают впечатление еще большего простора.Как и сто лет назад, со всего мира были собраны средства на восстановление Морского собора. Опять же, моряки внесли самый большой финансовый вклад, но пожертвования также поступали от обычных граждан и крупных корпораций. Средства были собраны международным благотворительным фондом “Морской собор в Кронштадте имени святителя Николая Чудотворца”. Интерьер Морского собора поражает своим великолепием. Здесь используются мозаики с преобладанием золотого, голубого и светло-серого цветов и фрески. Переход от темного гранита на нижнем этаже к золотой и голубой мозаике под куполом создает эффект собора, обращенного к небу. В яркий солнечный день интерьер собора производит особенно сильное впечатление сияния. Первоначально Николай II одобрил проект архитектора А.И. Томишки, но он был раскритикован строительным комитетом собора. Проект был заказан известному архитектору Василию Антоновичу Косякову (1862-1921), автору многих гражданских и священных зданий, в том числе и для военных: Николая Чудотворца в Военно-морском госпитале (Кронштадт), Морского собора в порту императора Александра III (Либава, ныне Лиепая, Латвия) и других.
Как и прежде, на Якорной площади стоит величественный памятник адмиралу Макарову. Недалеко от него находится памятник борцам за советскую власть в виде пирамиды, в центре которой горит вечный огонь. Якорную площадь украшает огромный якорь с вписанным в него крестом, а вокруг него силуэт храма, напоминающий древнерусский боевой шлем. Скульптором иконостаса из белого мрамора с мозаичными вставками является N. Попова, авторы проекта – архитектор собора Василий Косяков и его сын Григорий. После разрушения иконостаса в 1929 году его восстановление проводилось по архивным материалам.
К моменту открытия собора в 1913 году все было сделано по последнему слову техники. В подвале находилась станция вакуумирования здания, а также паровое отопление, вентиляция, электрооборудование и складские помещения. 24 апреля 2012 года. Патриарх Московский и всея Руси Кирилл в присутствии президента России Дмитрия Медведева совершил акт малого освящения собора. 28 мая 2013 года, в день 100-летия освящения Никольского Морского собора, Патриарх Иерусалимский Феофил и Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершили акт Великого освящения и Божественную литургию.
В 1897 году начался сбор пожертвований на строительство Морского собора. Основная сумма была собрана моряками, которые к 1913 году жертвовали четверть своей зарплаты на Военно-морской собор. Никольский собор был основан в 1900 году под руководством командира Кронштадтского порта вице-адмирала Степана Осиповича Макарова (1848-1904). Это не только главный храм российского флота, но и филиал Центрального военно-морского музея и мемориал погибшим морякам. Он является ориентиром для кораблей и судов, плавающих по Кронштадтскому морскому фарватеру: его золотой крест и серебряный купол, украшенный золотыми якорями, видны издалека.